在醫藥起源的問題上，存在著一種“醫源于巫”的說法，這是不科學的，不僅夸大了巫的作用，而且還顛倒了中醫藥和巫產生的先后順序。
首先，中醫醫藥的產生早于巫。中醫醫藥在有了人類之后就產生了，而巫的產生卻遠遠落后于中醫醫藥，是在原始社會末期產生的。原始社會的人們由于在日常生活中經常食用一些植物和動物，由此認識到了哪種植物和動物具有治病的作用，原始的中醫藥就因此產生。但是那時的生產力水平十分低下，人們對自然現象不會產生任何想法，只是自發地適應自然；等到生產力水平有所發展之后，人們才產生能夠理解和控制自然現象的想法，但是對于自然現象并不了解，所以對自然現象做了歪曲的反映；直到原始社會末期，社會分工、私有制和剝削出現之后，巫才產生。
其次，巫給醫藥披上了迷信的外衣。有人之所以認為“醫源于巫”、主要是因為他們以為中醫藥最初都是通過巫術的形式來給人們治療疾病，其實并非如此。巫術產生之后，借鑒了中醫藥治病救人的方法，但是給它披上了迷信的外衣，并不是醫源于巫，而是巫借鑒了醫。巫是一種不科學的存在，而且進行著迷信的活動，它在巫術的名義下給人們治療疾病，是對中醫藥的歪曲和不尊重。
所以中醫藥起源與巫的關系并不是像有人所說的“醫源于巫”，這種說法不僅對中醫藥不公平，它沒有看到中醫藥在歷史長河中的實踐和積累，而且還是對歷史的歪曲，是一種不正確的世界觀。怎樣對待中醫藥的起源和巫的關系，這還關系到中醫藥的科學性問題，不能有一絲模糊。
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